Действие игры разворачивается в 2012 году и во времена Третьего крестового похода, а именно в 1191. Бармена Дезмонда Майлза, главного героя, похищает корпорация «Абстерго», которая с помощью Анимуса, машины для извлечения генетической памяти, хочет найти артефакт Первой Цивилизации. В курс дела Дезмонда вводят учёный Уоррен Видик и его ассистентка Люси Стиллман. Они рассказывают ему, что он является потомком ассасина Альтаира ибн-Ла-Ахада, который обнаружил артефакт, и через него хотят узнать местонахождение артефакта.

В прошлом, предок Дезмонда Альтаир вместе с ассасинами Маликом и Кадаром прибывают в Храм Соломона в Иерусалиме, чтобы не дать тамплиерам завладеть артефактом. В храме Альтаир встречает Робера де Сабле, магистра Ордена Тамплиеров, и ослеплённый гордыней Альтаир неудачно атакует его. После неудачной попытки убийца бежит, оставив своих товарищей на растерзание тамплиерам.