Действие игры происходит на двух планетах, находящихся в разных мирах — Кибертроне и Земле. В центре сюжета, каждой версии игры, лежит погоня за "Темной Искрой" - мощным артефактом разрушения и хаоса.

В 3DS версии игровой процесс напоминает игру «Transformers: G1 — Awakening» — имеется плоская карта, разбитая на квадраты, по которым перемещается набор персонажей. В режиме боя используется трёхмерная графика. Само сражение происходит по следующим правилам: каждый ход персонаж получает очки, которые можно потратить на одну из семи различных атак, от требующих малое количество очков слабых приёмов до суператак, на которые нужно копить очки несколько ходов. Также можно заблокировать атаку противника. В ходе боёв персонажи набирают опыт, и при повышении уровня возрастают характеристики трансформеров. Также персонажи имеют способности, которые следует учитывать во время сражений.