Десептиконы: Игра начинается с того, что Мегатрон с отрядом десептиконов нападает на колониальную базу, управляемую Старскримом. После боёв он доходит до источника тёмного энергона, который смог подчинить и использовать, чтобы дать силы своим товарищам. Побеждённый Старскрим, увидев, какой мощью обладает тёмный энергон, предлагает Мегатрону свою службу в обмен на то, что Мегатрон научит его управлять тёмным энергоном, и сразу получает задание найти и переподключить энергонный мост, с помощью которого можно производить тёмный энергон в неограниченном количестве. Мегатрон, завладев всем тёмным энергоном, начинает войну против автоботов.

Автоботы: Игра начинается с того, что Бамблби доставляет сообщение Оптимусу о гибели предводителя Автоботов — Зеты Прайма. Оптимус берёт на себя временное командование обороной Иакона. Во время схватки за столицу Автоботов, в Декагон, центр связи, приходит сообщение от Зеты Прайма, заключённого в тюрьму Каона, столицы Десептиконов. Оптимус решает освободить Зету Прайма. Попав в Каон, Оптимус понимает, что сообщение от Прайма — ловушка Мегатрона. Исход спасательной операции: Зета Прайм погибает, а Оптимусу и его подручным с трудом удаётся спастись из Каона. Оптимус приносит тело Зеты Прайма на Совет Старейшин. Совет даёт Оптимусу звание нового лидера Автоботов, после чего тот отправляется к ядру Кибертрона. Добравшись до ядра, Оптимус Прайм узнаёт, что оно, дабы избавиться от тёмного энергона, должно отключиться, а это убьёт всё живое на Кибертроне.