Игра Hitman 2016 начинается с пролога, в котором действия разворачиваются за 20 лет до событий самой игры, с момента, когда Агент 47 только начал работать на ICA, где он знакомится со своим будущим связным - Дианой Бернвуд. Агенту предлагают пройти в огромном тренировочном комплексе ICA три тренировочные миссии, основанные на прошлых успешных операциях агентства. Агент, взявший оперативный псевдоним Сорок Седьмой, с блеском справляется со всеми заданиями и начинает работать на агентство под началом Дианы.