Prototype – главный герой игры Алекс Морсер. Алекс ничего не помнит о себе, он знает только что очнулся в морге одной из корпораций при вскрытии. Совершая побег из здания, и отбиваясь от охраны, обнаружил у себя фантастические способности: почти не восприимчив к пулям, способен совершать головокружительные прыжки, бросать тяжести, подобно пауку перемешаться по стенам, и вживаться в людей, принимая их вид, читать воспоминания.